而六部中以吏部和兵部尤其权重，吏部有用人大权，兵部则有国防大权，因此吏、兵二部在六部中的地位最高。兵部尚书别名“本兵”，既理军政，亦掌军令，“本兵”行边，遇有不称职守的将帅，可以就地撤换，不必先行禀报皇帝，足见其权力之重。
于谦此时既是兵部的最高代理长官，已经是实质上的大明最高军事长官。他声色俱厉的话语给了众人极大的震撼，一时哭泣声顿止，无人敢挺身予以反驳。
礼部尚书胡濙也站出来道：“成祖文皇帝将陵寝安排在这里，就是向子孙表示不再有迁都之志。”
这位白发苍苍的老尚书是前任宣宗皇帝指定的五辅臣中的唯一在世者。他不疾不缓的语气，镇定自若的神态，给了众人极大安慰，殿上人心略安。
吏部尚书王直、内阁大学士陈循等也都表示赞同于谦的意见。司礼监提督太监金英见重臣多反对迁都，便立即下令将徐珵赶出大殿。眼见徐珵碰了这么大一个钉子，少数与他见解相似的大臣也都噤若寒蝉，不敢再轻易出声，于是朝堂上主战派占了上风。
太后孙莼和郕王朱祁钰仍是名义上的最高决策者，二人毫无主见，不知应该拒战还是求和。司礼监宦官以提督太监金英和秉笔太监兴安为首，二人都力主与瓦剌一战，坚守北京。孙太后遂勉强同意，并在金英、兴安的劝说下，将战守大任全部交给于谦负责。
圣驾蒙尘，敌势甚炽，朝中大臣已是群情骚然若此。为了防止人心浮动，明廷严密封锁了消息，没有正式公布明五十万大军已在土木堡一带全军覆没，英宗皇帝也做了俘虏。但从战场上侥幸逃脱的残兵败卒络绎不绝地回到京师。京城的人们开始惊疑不定，流言纷起，私相传言。一些官员和富绅开始收拾自家的细软，预备逃走。整个北京城人心惶惶，陷入巨大的恐慌中，京师形势十分危急。
八月十九日，于谦奏请郕王朱祁钰命调南北两京、河南备操军士、山东及南直隶沿海备倭军士、江北及北京诸府运粮军士都急来京师，担任守卫。
当时通州官仓存有数百万石粮食，而朝廷又没有足够的人力、物力将其运入北京城中。有大臣担心被敌军侵夺，建议先行焚毁。应天巡抚周忱建议将仓米充作京军一年饷粮，令军士自行前往通州领运进城。当时百官俸禄多以米支付，于谦由周忱之议得到启发，请命预支文武京官本年九月到明年五月的俸粮，军士各预支半年饷，各自到通州仓领取。特派都御史陈镒总管运粮事，征用顺天府大车五百辆，专门用以起运通州官粮进京。民间有车之家，能从通州运粮二十石到京师仓库者，即由官府发给脚银一两。
当然，正如兵部尚书邝埜密信所提示，做好防守北京准备才是重中之重。为了尽快募集兵丁，于谦更命赏给新选余丁官军和旧操舍人及应募新兵每人银一两、布二匹，守城匠人、守门军火夫和皇城四门内外官军每人布二匹。
于谦当机立断，利用通州仓预支年饷一举，可谓随机应变的高明措施，不但令群臣和明军将士受惠，而且也延缓了瓦剌也先进攻北京的日期。当时蒙古部族骑兵入寇，从来都是就食当地。也先打听到通州仓官粮已散尽，而京畿四周坚壁清野，备战甚严，觉得此去多难，便起了归意。
于谦开始大举调军运粮的行动后，京城人心稍安。于谦又奏请调动靖远伯王骥所领湖广兵、宁阳侯陈懋所领浙江兵，火速赶来京师充实守备力量。但因王骥路远，先令陈懋率浙兵北上。各地军兵陆续到来，北京局面安定了下来。
八月二十一日，于谦正式升任兵部尚书，全面负责保卫北京。
八月二十二日，孙太后下旨，立明英宗朱祁镇长子朱见深为皇太子，仍命郕王朱祁钰代为总理国政，大事皆告孙太后。
大明新立的皇太子朱见深此时年仅两岁，自然难以理政，孙太后女流之辈，又无法亲自出面，所以只好由明英宗异母弟郕王朱祁钰代为总理国政。
正式诏告天下后的第二天，郕王朱祁钰驾临午门，主持群臣集会议事。
朱祁钰最关心的是北京的守备情况，但他还来不及开口询问，都御史陈镒首先上前，倡议严厉追究造成奇耻大辱的罪魁祸首王振的责任，认为王振倾危社稷，构陷皇驾，应该诛杀王振家属及其党羽，抄没财产，以此来安定人心。
陈镒在民间名声很大，做了许多利国利民的好事。但其人精通权术，王振当权时，陈镒为了巴结其人，每次都跪在门口迎接，又曾在审案时公然袒护司礼监提督太监金英。此刻他忽然一改前态，厉声指斥王振，令人瞠目结舌。
王振专权已久，为天下人所痛恨，但群臣之前都是敢怒而不敢言。陈镒开了头后，群臣争相上前，宣读王振罪状。郕王朱祁钰没有治国经验，不知该如何答复。一些大臣们开始痛哭，声震殿宇。朱祁钰见此状况，便想退入内庭。
这时候，锦衣卫指挥马顺站了出来，大声道：“王振已经死了，还说他做什么？”
马顺是王振的亲信，一直充当打手，帮助王振铲除异己，干过不少坏事，史称“流毒天下”。比较恶劣的有枷国子监祭酒李时勉于国子监门外示众，杀死并肢解侍讲刘球等。
此时，众臣正要求追究王振罪责，本来就群情激愤，马顺还不识时务地站出来，愈发火上浇油。给事中王竑性如烈火，嫉恶如仇，头一个
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