量，对明朝北部形成极大威胁，故朱元璋分布在北方边防线上的藩王兵力尤为雄厚。可以说，他将北部边防的立足点完全放在了诸藩王身上，实行以藩王防边的政策。朱元璋对自己的设计非常满意，曾不无得意地对孙子朱允炆道：“朕以御虏付诸王，可令边尘不动，贻汝以安。”
封藩制是朱元璋强化皇权的一个重要措施。十分可惜的是，由藩王掌握过大的政治和军事权力，是与空前提高的中央集权体制相冲突的。朱元璋并没有想到，在他死后不久，子孙们就大起内讧，祸根便是封藩制。而破坏他北部边防设计的，正是来自皇族内部对最高权力的争夺。
对于这种分封的弊端，一些有远见的大臣早就看出来了，只是很少有人敢公开说。著名的文士解缙率直敢言，他“数上封事，所言分封势重，万一不幸，必有厉长、吴濞之虞”。
说得最直接的大概要数府学训导叶伯巨了。洪武九年（1376年）星变，朱元璋按惯例诏求直言。叶伯巨当时以国子生授平遥训，上书直言切谏。他在奏章中明确提出了三个问题：分封血亲诸王及其掌管兵权，皇帝过分依赖严刑重罚；以及皇帝治国和建立制度过于匆忙。就第一点，叶伯巨指出，过分热心地分封诸王可能为将来某一亲王僭位创造条件，他甚至预言燕王终将有争位之举，“而秦、晋、燕、齐、梁、楚、吴、蜀诸国，无不连邑数十。城郭宫室亚于天子之都，优之以甲兵卫士之盛。臣恐数世之后，尾大不掉，然后削其地而夺之权，则必生觖望。甚者缘间而起，防之无及矣。”
这份关于藩王危险性预测的奏章，在后来得到了验证。最富有戏剧性的是，当时燕王朱棣还没有就藩，叶伯巨居然就预言到了朱棣将来会谋反。
奏书上后，朱元璋大怒道：“这小子敢离间朕父子骨肉，速速逮来，朕要亲手射死他！”
叶伯巨被枷解到南京，虽然侥幸没有被朱元璋射杀，但不久便饿死在狱中。更为不幸的是，叶伯巨所言后来果然成了事实。
朱元璋将军事大权交付给了自己的亲生儿子，总算才放了心。以亲王守边，内地的各个大城市，也都由自己的儿子出镇，每一个王国都是军事中心。这样，虽然京师远在东南，也不会有太大的问题。诸亲王每年秋天勒兵巡边，远到塞外，练兵习武，叫作“肃清沙漠”。凡是亲王都参与军务，其中晋王和燕王屡次受命领兵出塞。大将如宋国公冯胜、颍国公傅友德都受晋、燕二王节制。军中大小事务由亲王决断，大事才报告朝廷。晋、燕二王军权独重，立功也最多。
朱元璋自以为这样安排，十分周全。但是他没有想到，给儿子过重的军权，会造成皇家的内部矛盾。朱元璋去世后，皇太孙朱允炆继位，皇权与藩王之间积累已久的矛盾便急遽激化。一方面，是朱允炆担心诸王权力过于强大，积极着手“削藩”；另一方面，以燕王朱棣为首的藩王们极力要求维护自己既得的权位，最后爆发了“靖难之役”。内战的结果是建文帝朱允炆败亡，朱棣夺得皇位，史称明成祖。
朱棣为夺取皇位所发动的靖难之役给北部边防带来巨大的影响，其最关键的就是北边防线出现了两大缺口：一是大宁都司之废；二是东胜卫之撤。
朱棣即位后，对北边的防卫体系重新进行了部署：其一是将诸王防边的体制改变为大将镇守边陲军镇的体制，分别派亲信大将镇守辽东、陕西、宁夏、大同、甘肃、宣府、永平山海六处军事要地；其二是将有威胁的藩王向内地迁徙，或者将藩王的兵权削夺。
其中，对宁王朱权[6]的徙封及大宁都司的内撤对明朝北部边防影响最大。“天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳”。意思是，明成祖朱棣一方面将原来驻守大宁的弟弟宁王朱权徙封南昌，一方面将设在大宁的北平行都司迁往保定。而这一切，都是为了报答兀良哈三卫对其靖难之役的支持。
大宁都司的内徙，给明朝的北部边防造成了致命的影响。尤其是大宁都司内迁到保定后，明成祖朱棣没有在大宁之地重新设防。他即位后在北边布置的镇守总兵官中，唯独没有大宁，所以大宁之地在实质上已经被割让给兀良哈三卫。
尽管明成祖朱棣有诸多冠冕堂皇的理由放弃大宁，但大宁的不设防，等于在辽东和开平之间的边防线上打开了一个大大的缺口，蒙古骑兵可以从这个缺口自由出入，使得明太祖朱元璋最初设计的北部防线出现了断陷，直至导致后来的动摇。明军北部声势隔绝，最后不得不南撤开平。
在大宁都司内迁的同时，东胜州也作了内撤。明成祖朱棣即位后在不到一年的时间内，将北边防线上的两个重要都司撤向内地。这样北部的边防就出现了两个大缺口，一个在辽东与开平之间，另一个在大同与宁夏、甘肃之间。由此，开平势单力孤，成为深入蒙古高原的孤岛，三面受敌，处于岌岌可危的境地。到了宣德年间，明宣宗朱瞻基迫于压力，不得不把开平驻防也撤向了内地。