色逃跑一途，方士侯公和卢生的就这样逃亡了。此时始皇帝也受到了责难。
对皇帝的批评是不可原谅的。正因如此，连谥法也被始皇帝废除了。始皇帝对可能“诽谤”过自己的学者进行了严格的调查。批评法家政治的，不用说就是儒家系统的学者。究竟是怎样的调查，史书中没有留下详细的经过，但记载说犯禁者有四百六十多人。
早一年，秦应李斯进言，实行了“焚书”。《史记·秦始皇本纪》引用了李斯的进言，内容是：
臣请史官非秦纪皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书……
始皇帝采纳了这个建议。除医药和其他实用书以外，百家的书全要焚毁，特别是言及诗、书的。可见其主要目标是儒家。和政治没多大关系的老庄，对法家的李斯来说不算多大的威胁，而积极倡导以古代周公的精神推行政治的儒家才是最应防范的敌手。除了言及诗、书，进言中特别强调了“以古非今者”，这一点值得关注。
李斯的进言是赤裸裸的言论弹压，历史上称为“焚书”。仅仅焚书也不能让始皇帝安心，于是以方士逃亡案件为托词，逮捕了划为可疑分子的四百六十多名儒者，在国都咸阳全部坑杀。
焚书在始皇帝三十四年（前213），坑儒在三十五年（前212），总称为“焚书坑儒”。不得不说这就是秦的晚期症状。
5
焚书坑儒后，始皇帝将长子扶苏送往北方，责令他监督将军蒙恬。据《史记》记载，扶苏因劝谏焚书坑儒，始皇帝惩罚性地让他远离朝廷。不过，如果说这是带有惩罚性质的人事调动，其中也有疑点。在长城一线，蒙恬率众共三十万。前文已述，当时的匈奴正迎来兴隆时期，变成了极大的势力。此外被灭的六国遗臣的怨恨还未消尽。如果蒙恬和匈奴、六国残余势力纠合起来进攻咸阳，秦是无力抵御的。但奇怪的是始皇帝为了扬威，经常巡游天下而不在国都咸阳。这样看来，始皇帝是把长子送到了最重要的地方。
坑儒两年后，也就是始皇帝三十七年（前210），始皇帝在巡游东方的归途中死于沙丘（河北省），据说年满四十九岁。巡游的一行人中，有宰相李斯、始皇帝末子胡亥以及胡亥的老师宦官赵高随行。始皇帝在得病后，写了一封给长子的玺书，内容是回到咸阳后替我主持大葬，这正是对接班人的指名。然而，赵高和李斯、胡亥三人共谋篡改了玺书——至少《史记·秦始皇本纪》中是这么写的。这件事情只有三人知道，而三人后来全部被杀。那么为何玺书被篡改一事能被他人所知呢？历史总会时不时出现这样的疑问。不过三人有过共谋，基本上不会错。
在秦国，传位于长子基本上已是原则。始皇帝的祖父安国君虽是次子，但他是在兄长死后继承了王位。始皇帝的父亲子楚虽是华阳夫人的养子，但也是在异母兄死后继承了王位。始皇帝当然是长子。这样看来，在北方担任重要职务的长子扶苏成为二世皇帝是理所当然的。
在巡游中随行的胡亥是末子，是个愚蠢的人物。宦官赵高是他的老师，所以在胡亥即位后他就可以掌握大权。法家宰相李斯也是个野心家。长子扶苏除了英明，从劝谏焚书坑儒可以看出他还偏好儒家，至少应该是反对法家政治的。而愚笨的胡亥则容易控制。所以如果英明的扶苏即位，李斯就有失势的可能。虽是密室中的事情，玺书的篡改却是事实。
仅伪造一封指名胡亥为继任者的玺书还是让他们感到不安，于是又炮制了赐死扶苏和蒙恬的玺书。在视法为绝对的秦，玺书是不能违抗的。扶苏在接到玺书后立刻自杀，将军蒙恬虽然对命令存疑，也被迫入狱服毒自尽。结果导致三十万民众向南散去，英豪冒顿单于（单于在匈奴语言中的意思是首领）率领的匈奴军进入了曾由蒙恬驻守的鄂尔多斯。关于匈奴有多种说法，他们的人种体格更接近于欧洲人种而非现代蒙古族，语言则属于阿尔泰语系。过去东胡和月氏很强，匈奴有段时期被夹在东西两个强国之间苦不堪言。在秦统一天下的过程中见不到匈奴的身影，也是因为它没有南下的实力。然而曾在月氏当人质的冒顿从月氏成功逃脱，杀了父亲头曼单于自立，进而击破东胡，赶走月氏。
匈奴中出现俊杰的消息应该也传到了始皇帝的耳朵里。派遣扶苏北上是他对策中的一环。如果杀了有三十万民众的蒙恬和扶苏，显而易见匈奴将会南下。从这一点也可看出，玺书的伪造基本上不会有错。
必须说，秦在大统一后紧接着大崩溃，这是必然的。应当看到，秦在大统一的过程中就已经播撒了大崩溃的种子。始皇帝统一天下是在公元前221年，死亡是在公元前210年，接着秦帝国的灭亡是约四年之后，公元前206年的事情。夺取天下十几年后就灭亡了，其分崩离析速度之快，真的令人震惊不已。
拥立二世皇帝胡亥的李斯是焚书坑儒的始作俑者，此前他还杀了同门的韩非。这是个要杀尽所有对手、冷酷无情的人物。始皇帝除了胡亥和已死的扶苏外，还有很多子女。李斯准备把他们全部杀掉，他的恐怖之处体现在，从男到女一个不留，十二个公子和十一个公主全部成为牺牲品。他用这个恐怖政策警告人们，如果胆敢反抗二世
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