他應當以正式官階出現。於是東坡穿上官衣官靴，手執紅板，立於庭中，面向官差而立，祖通判與官衙人員則頭戴小帽，排立于蘇東坡身後。兩個士兵手執禦史台的公文，緊握一個包裹，似乎其中藏有刀劍。官差面目猙獰，默不作聲，氣氛緊張萬分。蘇東坡首先說話。
"臣知多方開罪朝廷，必屬死罪無疑。死不足惜，但請容臣歸與家人一別。"
皇差皇甫遵淡然道："並不如此嚴重。"
這時通判邁一步向前道："相信必有公文。"
皇甫遵問："他是何人？"通判回稟自己的身份。士兵乃正式遞交公文予通判。打開一看，原來只是一份普通公文，免去蘇東坡的太守官位傳喚進京而已。皇差要蘇東坡立即啟程。
官差允許蘇東坡出發前，歸看家人。根據蘇東坡在筆記上記載，他到家時，全家正在大哭。蘇東坡向他們笑著說出下面一個故事，安慰他們：
在宋真宗時代，皇帝要在林泉之間訪求真正大儒。有人推薦楊樸出來。楊樸實在不願意，但是仍然在護衛之下啟程前往京師，晉見皇帝。
皇帝問道："我 說你會作詩？"
楊樸回答道："臣不會。"他想掩飾自己的才學，他是抵死不願做官的。
皇帝又說："朋友們送你時，贈給你幾首詩沒有？"
楊樸回答道："沒有。只有拙荊作了一首。"
皇帝又問："是什麼詩，可以告訴我嗎？"
於是楊朴把臨行時太大作的詩念出來：
更休落魄貪酒杯，且莫倡狂愛詠詩。
今日捉將官裏去，這回斷送老頭皮。
蘇夫人 見這首詩，不由得破涕為笑。這故事曾記在蘇東坡的筆記裏，但不知是不是他當時現編的。
家中決定由長子邁陪同前往。王適，他一向充任蘇家的塾師，現在同他弟弟留在家中，後來才偕同蘇東坡全家入京。太守官邸的人全嚇得不知如何是好，個個躲躲藏藏。但是老百姓都出來看太守啟程。根據縣誌記載，老百姓都淚下如雨。官差與士兵的態度與辦事的要求，都蠻橫無禮，後來蘇東坡在上哲宗皇帝書中，說他們逮捕太守猶如捕盜。官衙中只有王氏兄弟和陳師錫設酒筵錢別。
有人說途中蘇東坡曾想自殺。根據他自己給皇帝上的奏章上說，在揚州渡江時，他想跳入江中。但按孔平仲的記載，開船之後不久，船停在太湖上修理船槳時，他想跳水自殺。那天夜裏，月色皎潔，湖上風高浪大。蘇東坡不知道他要判什麼罪，並且怕他的案子會牽連好多朋友。他想把眼一閉跳入水中，反倒省事。等再一想，倘若如此，必給弟弟招致麻煩。在給文彥博的信裏，敍述家裏燒了他大部分與友人的通信和手稿。家裏人到了安徽宿縣，禦史台又派人搜查他們的行李，找他的詩，書信和別的文件。有些兵把船包圍起來時，女人和孩子們怕得很，那些兵把他們的東西胡亂扔，就如一般兵士執行勤務時一樣。兵丁走後，女人們氣衝衝的說："這都是寫書招惹的。他亂寫東西有什麼好處？把人都嚇死了。"然後焚燒他的手稿，後來東坡發現殘存者不過三分之一而已。
蘇東坡是七月二十八日由官家逮捕，八月十八日送進禦史台的皇家監獄。審問期間很長，前後四十幾天。在監裏，那個獄卒心腸非常好，大概知道他是誰，對他十分恭敬，每天晚上給他熱水洗澡，直到現在每晚上洗熱水澡，還是四川人的習慣。
蘇東坡在監獄中，發生了一件有趣的事，結果審問時反倒對他大有益處。他兒子每天到監獄去看他，為父親送飯當然是兒子分內的事。蘇東坡和兒子暗中約好，就是兒子只許送蔬菜和肉食，倘若 到壞消息，他才送魚去。有幾天，蘇邁要離開京城到別處去借錢，他把送飯這件事交給朋友辦，但是忘了告訴朋友那件暗號。那朋友送去熏魚，蘇東坡大驚。他心想事情已然惡化，大概凶多吉少了。他和獄卒商量，給弟弟寫了兩首訣別詩，措詞極為悲慘，說他一家十口全賴弟弟照顧，自己的孤魂野鬼獨臥荒山 雨泣風號。他表示願世世為手足。在詩裏他又細心表示以前皇恩浩蕩，蒙受已多，無法感激圖報，實在慚愧。又說這次別無可怨，只是自己之過。子由接到，感動萬分，竟伏案而泣，獄卒隨後把此詩攜走。到後來蘇東坡開釋時，獄卒才將此詩退回，說他弟弟不肯收。我相信子由根本知道這條計，故意把詩交還獄卒。因為有這兩首詩在獄卒手中，會有很大用處。因為獄卒按規矩必須把犯人寫的片紙隻字呈交監獄最高當局查閱。這個故事裏說，蘇東坡堅信這些詩會傳到皇帝手中。結果正如他所預料，皇帝看了，十分感動。這就是何以蘇東坡的案子雖有禦史強大的壓力，最後卻判得很輕的緣故。
幸虧詩人陸游曾編有一本歷史，其中包括所有審問蘇東坡的親筆檔。現在我們還有一本書叫"烏台詩案"，"烏台"是禦史台監獄的名稱。此書包括四件彈劾本章、審問記錄全部，蘇東坡的口供、證物，和最後的判詞。陸游勤於寫日記，對蘇東坡留在身後的手稿和拓片特別愛好，這些遺物是蘇東坡死後六七十年他才見到的。他曾說出這本書的經過。北宋在靖康元年（-一二六）滅亡時，朝廷官員都向杭州逃難，儘量攜帶珍貴的文件。在揚州，一個名叫張全真的政府官員看到這一份手稿，從朝廷檔案裏抽出來。後來，張全真死後，一位姓張的宰相，受張全真的後人請求為先人作一篇墓誌銘。這位宰相要以那份手稿為代價。那家後人只答應交
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