十六日，太后顯然是要支持蘇東坡，因為她對眾臣說，蘇東坡的意思是指國家官員的寬嚴，他並沒有對皇帝本身有何不敬。甚至彈劾蘇東坡的官員有受懲處之說。
這時，蘇東坡決定不求外放，而是要挺身而鬥了。他在正月十七日，給皇后上了兩千字長的一份表章，略敘他本人的職分並對卑劣的政治手法予以譴責。他是為"人應當有不同意權"而奮戰。在表章裏他指出朝廷官員都表示同一意見，或因怕開罪於人而避免表示意見，皆非國家之福。君臣當表白自己的意見，如此于人于事，方有助益。倘若帝王所贊同的群臣都說對，群臣便都成了孔子所說的鄉願，是足以招致亡國之禍的。然後他又略述在免役法方面他和司馬光不同的看法。他二人是意見不同，但是尊重彼此的意見。而今司馬光已去世，那群人，以為朝廷依舊繼續推行他既定的政策，於是只知道順從皇帝的意見。實際上，司馬光並不希望人人都同意他的意見，他也不相信皇太后所需要的只是群臣唯唯諾諾的恭匝和卑曲酒媚的意見一致而已。他另一點異議是，從免役法所徵收的三十萬貫之中，撥出了西北戰事所需之後，尚餘半數，朝廷應當把此款項在城郊購買土地，用以安頓退役的軍人，如此，可以減少服役人數的一半。此錢取之於民，當複用之於民。在這些方面，他一直堅持己見，得罪了不少人。大概在十二日，他寫信給好友楊桂，在信中又非難那些人云亦云毫無主見的人，並頗以自己有真知灼見而自負。那封信上說：
某近數章請郡未允。數日來杜門待命，期於必得耳。公必聞其略。蓋為台藏所不容也。昔之君子，惟荊（王荊公）是師；今之君子，惟溫（司馬溫公）是隨。所隨不同，其為隨一也。老弟與溫相知至深，始終無間，然多不隨耳。致此煩言，蓋始於此。無進退得喪，齊之久矣，皆不足道。
最後，在二十三日，蘇東坡奉令留任原職，在二十七日，決定把請求審問蘇東坡的官員予以寬恕。
蘇東坡為小人陷害，太后支持他；政敵顯然未能達成目的，也因此丟了臉面。他別無話說，只好照舊留任。他對皇太后非常感激，決定從此之後，毅然決然以更為坦誠的態度，向皇太后說別人所不敢說的話。今天在蘇文忠公全集裏還有很多政論文章和奏議，都是此後的兩年內寫的。那些奏議上都清清楚楚寫著日期，看了就知道他所爭持的是哪些問題。
他所力爭的第一項是"廣開言路"。他若生在今天，一定會為言論自由而戰，為強大有益的輿論而戰。這是他再三再四提到的。他指出來，朝廷有道，皇帝一定是想辦法接近每一個人。比如說，唐太宗在位時（唐太宗可以說是中國四千年來最好的皇帝），他許每一個人到宮廷進言，甚至無官無職的老百姓也在內。若有人說有話要見皇帝，宮門的守衛人員不許阻攔。蘇東坡提醒皇太后，在本朝初年皇帝允許低級官吏謁見，甚至平民亦蒙接待。而今可得見到太后的人只不過十幾個人，那十數人豈能盡知天下所發生的事？倘若那十數人趕巧都是庸碌之輩，或不敢把真實情形奏聞，皇太后必致相信天下百姓安樂無事。天下情形豈不糟糕！誠然，別的官員也可以上表進言，但是那些表章進了皇宮，也就石沉大海了。皇太后若不親自召見，又怎麼瞭解所討論的問題？再者，還有好多事，是不能寫在紙上見於文字的。有的事情有時萬分複雜，一次討論未必弄得清楚，何況只憑一道表章！在另一道奏章裏他說，馬生病，不能以言語表達，"人雖能言，上下隔絕，不能自訴，無異于馬。"
但是文人若不能獨立思考，無批評的勇氣，言論自由也終歸無用。就只在這一點上，他讚美歐陽修而非難王安石，因為歐陽修激揚清議，王安石則壓制清議。蘇東坡極其擔心當時的暮氣沉沉，讀書人已經忘記用頭腦思索。這段時期，在他給門人張來的一封信裏，他說："文字之衰，未有如今日者也，其源實出於王氏。王氏之文，未必不善也，而患在好使人同己。自孔子不能使人同顏淵之仁、子路之勇，不能以相移。而王氏欲以其學同天下。地之美者同於生物，不同於所生。惟荒瘠斥鹵之地，彌望皆黃茅白葦。此則王氏之同也。"
在哲宗元佑元年（一0八六），蘇東坡總算把青苗貸款法完全廢止。年初，四月裏，皇帝下了一道聖旨，對於這種政治措施勉強改革了一些，常平倉穩定糧價辦法予以恢復，而青苗貸款仍然貸於人民，只是款額則以倉穀價值的半數為限。朝廷的如此改革，原出好意。這樣，禁止了官吏像以前那樣進入農村，召集開會，把官款分配給農民，也禁止小吏按家去催逼捐獻。在蘇東坡看來，此種不徹底的措施，還難令人滿意，其流弊也不減於過去。在八月初四，他又給皇帝上表，第一請求將青苗法完全廢止，第二請求將赤貧百姓之欠債，包括本金利息在內，一律寬免。他又將四月份之改革措施比如偷雞賊，此賊自稱將改過向善，以後每月只限於偷雞一隻，這是引用《孟子》上的典故。他的表文裏說："臣伏見熙寧以來，行青苗免役二法，至今二十餘年。法日益弊，民日益貧，刑日益煩，盜日益熾……又官吏無狀，於給散之際，必令酒務設鼓樂娼優，或關於賣酒牌子。農民至有徒手而歸者。但每散青苗，即酒課暴增，此臣所親見而為流涕者也。二十年間，因欠青苗，至賣田
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