西沙沙地落在纸上。尘埃上还沾有红、绿、茶、白等色。
另外检查了衬衫、裤子、汗衫、内衣和鞋，好像都没有血迹。但是除了西服上身和鞋以外，都沾了不少乌黑的油迹。尤其是兜裆布、袜子这些贴身穿的东西，简直粘得一塌糊涂。
根据对极少量的血液煞费苦心地化验的结果，查明下山总裁的血是AMQ型的。血液非常少，后来也引起了疑问。
侦查班原以为油是从机车里淌出来的，后来查明机车用的是矿物油，下山总裁的内衣等处沾的却是植物油。进一步调查的结果，弄清楚了十之八九是米糠油。
还有带颜色的垃圾，经过化验，证明是焦油性染料，以发蓝的绿色为主，夹杂有红、紫、茶、白等色。有人怀疑这种染料是从轧过尸体的货车上掉下来沾在衣服上的，但是经过检查，该列车所载的货物中没有这样的东西。由此可以判断，油一定也是下山被轧之前在别处沾上的。染料的粉末沾在西服上身、裤子和讨衫上，衬衫连里面也沾着染料。把这种沾法与沾油的情况联系起来，就颇引起注意。原来油也不是从衣服外面，而是从里面沾上去的。
第八六九次列车本应在上午零时二分从田端车站发车，然而四号夜里却是在零时十分发车的，也就是说，迟开了八分钟。一查原因，说是负责叫醒山本司机的机车库勤杂工忘记叫他了。
后来查明，那个勤杂工是因为和另一个人下将棋（类似我国的象棋。——译者注）下得入了迷，以致忘记叫醒山本司机和助手荻谷的。荻谷奔跑到D五一六五一号机车上去，只见蒸气的压力已经降低。一看仪表，只剩六公斤了；必须有十公斤以上的压力才能拉得动货车。他赶忙生起汽锅，让蒸气冒上来，因而误点八分钟——零点十分才开出。这趟列车挂五十节货车，但因为几乎全都是空车皮，所以开得很快，经过五反野的出事地点时只误点两分来钟，开到金町车站时就赶上了点。后来警察曾叫山本、荻谷两人陈述情况，不知怎的，山本司机曾对助手荻谷说：“从田端发车的时间迟了那件事，最好不要告诉警察。”因此荻谷就没有提到发车迟了的事。后来这事引起疑问，有一个时期山本司机曾受到怀疑，但经过严密侦查，嫌疑就消失了。那以后整整过了一年，也就是昭和二十五年五月，山本突然死去了。
事件发生之后，田端机务段就接连不断地发生奇怪的事情。其中一件是：离出事地点不远的绫濑车站内，轨道旁边遗落一张田端机务段的分析图。田端机务段的轨道错综复杂，从一间信号小楼里操纵转辙杆和转辙柄座，使整个机务段作为一个有条不紊的机构运行，这一切都是按照分析图来操作的。
这份图表究竟是谁丢的呢？机务段的职工也并不是个个都有这样的图表，因此很快就查明了是个年轻的站员丢的。他受到严密的讯问，但他只回答说：“死了也不说。”碰到这个年轻人的抗拒，分析图的事也就不了了之。
第二桩不可思议的事是：从田端到上野的第一个车站——日暮里车站的厕所里发现了奇怪的字迹。男厕所里放东西的板子正中央用粉笔横写着“5.19下山桶”字样。下山的尸体是六日清晨才刚刚被发现的。“5.19下山桶”这六个字也可以理解为一种暗号，说明下山是在五日的十九点（下午七点）被装进汽油桶的。
还有一件奇怪的事。七月五日下午七点到七点半之间，下山总裁失踪的消息通过无线电广播等等办法已经传布开了，只是不知是死是活。这时，东京铁道公司对外联络部的前田某在东京铁道公司工会支部的房间里告诉大家：“刚刚来了电话，说总裁因汽车出事死了。”大家听了都喊叫起来。这个电话是打到东京支部来的，打的是铁道专用电话。于是引起了这样一个疑问：电话究竟是从哪儿打来的呢？马上一调查，田端车站机车库休息室内有一台新安装的电话，五日下午六点钟负责人把这间屋子上了锁，六日早晨发觉锁坏了，看来是被什么人撬开了。那人利用刚安好的电话通知国营铁道工会东京支部，说总裁因汽车出事死了。这事始终也没能查出是谁干的。
还有一件事。下山总裁失踪的两天以前，新宿车站附近贴出了“杀死下山！”“叫下山‘拜黎明’（日本法西斯军队里的一种私刑。在寒冷地带，夜间将受刑者赤身反缚在柱子上，让他朝东跪着。受刑者在深夜里冻僵，直到黎明时才又苏醒。传单上恫吓要这样惩罚下山。——译者注）”的传单。事件发生后，没等警察看到，传单就被撕掉了。下山失踪的前一天，铁道弘济会的某靑年曾经接到预告要谋杀下山的电话。
另外一件怪事是：尽管警视厅的侦查员在七月九日已经对发生事件的那天（五日）夜里值班的人做过一次调查，后来他们想重新进行一些盘询，就叫人把记载着值班详细情况的值班簿拿来，发觉七月一日到五日的部分竟被胡乱撕掉了。为什么只撕去五天的呢？因为其中包括发生事件的七月四日和五日。
还有一件怪事：在出事地点发现了奇怪的血迹。
在辗轧现场上首——也就是从田端出发的列车开过来的方向——二百来米的路上发现有斑斑点点的血迹。血型是AMQ型的，跟下山总裁的血型相同。大凡一百人中间也只有三个半人是这种血型的。如果是在现场下首、沿着列车驶过去的方向留有血迹，那还可以说是沾在列车上的血滴下来的
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