变得自私、残暴、唯我独尊。新教中的其他派别统统被他指斥为“异端”，其境况不比天主教好多少。想当年略占上风的再洗礼派此时成了加尔文的眼中钉，不知出于一种什么样的阴暗心理，他下令将这一派的信徒全部驱逐出境，否则格杀勿论。
加尔文自负、狭隘的本性，在另外一件当时影响很大的事情当中也可略窥见一斑。1553年西班牙极负盛名的科学家凯尔·塞尔维特（人体血液循环的发现者之一）来到日内瓦。塞尔维特作梦也没想到日内瓦会成为自己生命的终点。
也许他已忘记了自己当年曾批评过加尔文的教义，但是加尔文没有忘记。加尔文借口塞尔维特是再洗礼派的支持者，将他处以极刑，尽管当时舆论哗然，但加尔文毫不手软，干净利索地处理了塞尔维特，出了胸中一口恶气。加尔文教的走红在于它符合了当时新兴资产阶级的发展，更在于加尔文对新教的信心和贡献。
加尔文的名字和“加尔文教”永远地联系在一起。