扫清殖民残余势力。另一种说法更为世人所公认：“当时圣马丁与玻利瓦尔的部队面临与殖民军的“过渡港之战”的前夕，圣马丁所率部队有许多病员，又因其他原因，使阿根廷、智利政府不能全力支持他，而他迫切希望增援，所以，便在瓜亚基尔与玻利瓦尔会谈，希望得到玻利瓦尔的帮助。
如果玻利瓦尔在另一线牵制殖民军，就有可能取得胜利，否则，圣马丁以少攻多，势必会出现敌我双方的对峙，这样的话，就会延缓拉美独立的进程。结果，经过与玻利瓦尔密谈，他明白了两人之间的分歧，那就是：一山不容二虎。
为了南美的未来，为了人民的利益，他痛苦地选择了放弃权力的做法，而不是等待将来与玻利瓦尔兵戎相见。或许，后世历史学家看得更清，托马斯·基朵在他所著的《圣马丁与伟大的史诗》中写道：“玻利瓦尔对圣马丁在解放秘鲁战争中所取得的胜利是不高兴的。
为了争夺最后胜利和南美洲的最高权力，玻利瓦尔就会以大胆的手段，带领他的部队与圣马丁的军队争斗。两支革命军火并，圣马丁认为是‘留在世界上的一件十分丢脸的丑行恶名！’所以他作出了痛苦的抉择！”圣马丁也曾说过：“我并不寻求荣誉”，“我的剑绝不为争权夺利而出鞘！
”只要秘鲁和整个拉丁美洲真正独立，我“将远远地离开这里”。圣马丁把自己毕生为之奋斗而取得的，也是南美洲最辉煌的胜利果实与最高权力、荣誉主动拱手让与了他的革命伙伴同时又是对手的玻利瓦尔。所以他受到了全世界许许多多人的赞扬，称他为“一个在历史上几乎无双的灵魂”！