时，他赐官封爵，整顿义军。在起义军中颁布了严明的纪律。虽然义军的武器简陋，主要是弓箭、木棒、梭镖、大刀等，缺少枪支大炮，但是，起义军主要由农民组成，其目的是推翻荷兰殖民者的殖民统治，所以得到了人民群众的热烈拥护和全力支持，战斗力大大增强了。
1826年末，起义军对荷军驻守的一个城镇发动攻坚战，结果遭到失败，伤亡很重。蒂博尼哥罗本人也身负重伤，其长子也被荷兰人俘虏，起义受到严重影响，双方战争遂处于相持状态之中。德·科克看到俘虏了蒂博尼哥罗的长子，欣喜若狂，立即以此威胁蒂博尼哥罗，要他率义军投降，蒂博尼哥罗一气之下撕毁了德·科克的信件，愤怒地说：“可恶的强盗，你们可以杀掉我的儿子，但千百万起义军你们是杀不完的，我最终要清算这笔血债！
”蒂博尼哥罗的这种置国家、民族利益于个人利益之上的作为，深深地激励了人民的抗敌斗争。遗憾的是，起义军遭受损失后，内部分裂，蒂博尼哥罗和摩佐为争夺最高领导权，不时发生摩擦。这严重削弱了起义军的战斗力。另一方面，荷兰人又派人插入起义军内部，挑拨起义军矛盾，分裂起义军，同时又收买参加起义的封建主，瓦解起起义军队伍。
在战术上，荷军为对付起义军的游击战，采用碉堡战术，围困和孤立起义军。所有这些，都对农民起义十分不利。1828年3月，爪哇北岸南旦地区的起义军被荷军镇压，从此，爪哇岛起义军一蹶不振。这年末，摩佐投降荷兰殖民者，起义军受到打击，遭受严重挫折。
次年10月，义军中著名的青年将领占托特也投降敌人。不久，参加起义的封建主纷纷倒戈，轰轰烈烈的起义渐趋尾声。但是，尽管如此，蒂博尼哥罗仍然顽强不屈地坚持斗争。荷兰人悬赏5万荷盾捉拿他，到处追击他，但没有一个农民为赏金而出卖他，他受到广大群众的保护。
条件虽然艰苦，蒂博尼哥罗的抗敌意志始终未见消减，他仍然率领起义军余部与敌人作战。1830年初，德·科克邀请蒂博尼哥罗谈判，并作出承诺，谈判成与不成，保证蒂博尼哥罗的安全。但是，当蒂博尼哥罗带着次子和官员来到谈判地点时，突然发现上当了，院子周围隐藏着不少荷枪实弹的荷兰士兵，荷兰官员们来谈判时也都佩带着武器，气氛十分紧张。
蒂博尼哥罗早已把生死置之度外，仍镇定自若地与德·科克对话。德·科克却脸色一变，凶相毕露，马上下令逮捕了蒂博尼哥罗。蒂博尼哥罗斥责德·科克背信弃义，德·科克无言以对，慌忙走掉。荷兰官兵一拥而上，逮捕了蒂博尼哥罗和他的所有随从官员。
之后，蒂博尼哥罗被囚禁到远离爪哇的苏拉威西岛的望加锡。爪哇起义迅速被镇压了下去。1855年，印度尼西亚的民族英雄蒂博尼哥罗在流放地死去。