业及海外农场公署督办，年薪1000镑，4年之后因健康原因辞职。期间，他继续著作并且修改以前的书刊，1704年逝世。
洛克的文集，排印达9册之多，当中只有三种影响后人最深，都在1690年初次出版。其中一种题为《人类悟性论》（AnEssayConcerningHumanUnderstanding）。其主旨在否定所谓与生俱来的观念。如果人类都有与生俱来的观念，那么为什么小孩子不具有这样的观念？洛克并不坚持任何的了解都待人类的感觉而产生，他承认也有外界的事物，其存在并非我们的感觉所能目领耳受，然则也不出于天生的观念。例如5＋7＝12，并不由于一种先天的观念预藏在人的脑里，而是出于经验之推断。而且很多抽象原则出于感觉之后，例如我们必先能辨别红色非白色，以后才能领略色彩相对之理。以这种辩论的方法，洛克替当日的经验主义（empiricism）打开出路，而有意推翻伦理上及宗教上的武断。
其他两种小册子，通常称为《政府论二讲》（TwoTreatisesofGovernment）。第一篇为驳斥菲尔玛（SirRobertFilmer）的论调而作。菲尔玛的著作在身后出版，仍是替君权神授说张目。他从圣经里人类祖先亚当说起。亚当既以祖考的地位管制他的子孙，以后的君权也都产生于同样的方式。国王不用与人民订合约，等于父亲无需与儿辈订立合约。（本书作者按：这与中国传统的君权观念极为接近。）国王加冕的誓辞已经说明他只采用好的法律。至于法律是好是坏，由他作主。人类的自然状态不是平等，而是君主制。所谓天赋人权，人民有选择地组织政府，只是犯上作乱之阶。洛克的驳斥，今日很少被提起。大概由于他著书时，一个国王已因坚持己见而被弑，菲尔玛书出不久，另一国王又因国民拥戴外来的王子而被驱逐，至此君权神授和以宗教领导政治的主张都已不攻自破，也毋须再三辩驳。几个世纪之后的今日，仍旧传颂不绝的乃是洛克的《政府论二讲下编》（SecondTreatiseofGovernment），因为这篇文字较有积极性，而且把著者多方面的见解汇集于一处。
洛克的小册子也根据圣经，把《创世纪》当作历史看待。书中说及亚当和夏娃有养教儿女的天职，可是他们管制的力量是暂时的，只适用于儿女助弱之时，且仍要合于理性。儿女既已成长，则这种管制的力量已无必要，幼辈可能尊敬长辈，不一定要服从父母。至于父母有时候以遗产为饵希望儿女继续服从他们，则已是生意，有如合同关系，不能谓为天赋父母如此之权力。
在另一段，洛克也把婚姻关系定在主要为繁殖之用。人类的婚姻关系较其他的动物为长，也较坚定，乃因人类之婴孩需要长时间的教养。前儿尚未成年，次子又已出世。自然法则之需要夫妇关系长期继续，无非这种原故。如果其目的达成，只要夫妇间有适当的经济安排，没有理由不能中断其婚姻。法官判案，只能根据这原则。
虽说洛克所述，纯站在研究政府的立场否定父母和男人有绝对和永久的权力，有时他也说儿女是因感激父母养育之恩而自动扶助他们，或者因为习惯的关系，在小事上对父亲让步，夫妇因一同养育儿女，可能培养共通的兴趣，这些情形纯系私人和个别的感情，已与他所说的权力与义务无关。这些议论在今日看来，已属司空见惯。但在17世纪则已将唯物主义和个人主义推上最高峰。其与中国传统社会的法制相比，两方之距离更为明显。即在本世纪初年，中国社会根据“三纲五常”的教条，认为服从长上、孝顺父母、举案齐眉不仅是风气所关，而且也是个人人生的目的（换言之，亦即认为这都属于自然法则）。政府和社会提倡之馀，并以实力强制执行之。我们在评判是好是坏之前，先要看出当中一个绝大的距离。
洛克的宇宙，既不用以支持君臣、父子、夫妇永恒不变的秩序，那么人生目的何在？
他的答案是保持“人身财产”，包括生命、自由和资产。
洛克虽然反对霍布斯，但也引用《巨灵》里的“自然状态”和“社会契约”两个观念。但是他的自然状态不是一个吃人的社会。即在初民时期，人类已经遵照自然法则，各人享有绝对的自由，彼此平等，以己之所欲，施之于人，也完全出于一种互惠的局面。组织政府的目的，无非保持这样的状态。因为人类纵善良，总有不守法的人侵犯劳人，自然法则容许被侵犯者予以膺惩。可是个人自己作主，难免褊袒，所以引用政府为公正人。此时政府所有的职权，纯系一种被信任的职权，无异于人民聘用之经理。
从这出发点，《政府论二讲下编》强调君主专制是一种曲解理论、出卖信任的作法。书中提到百姓有权反抗暴君时，带着一种“闻诛一夫纣矣，未闻弑君者也”的语调，作者不怕人民见异思迁，动辄颠倒政府，他只怕他们积习相安，见恶而不除。这种宗旨对光荣革命产生了肯定的作用。此外洛克也用社会契约的名义引入他自己的设计。例如政府必有人民之认可，如无彰名较著的认可，则有含默之认可。民主体制，总是少数服从多数。如果一个公民不满意公众的决议，他有权脱离这国家，另寻出处。政府则三权分立，立法
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