米开朗琪罗疑惑卡波尼与梅迪契党人有意要把他撵走使他不能守城，他便住在圣米尼亚托不动弹了。可是他的病态的猜疑更煽动了这被围之城中的流言，而这一次的流言却并非是没有根据的。站在嫌疑地位的卡波尼被撤职了，由弗朗切斯科·卡尔杜奇继任长官：同时又任命不稳的马拉泰斯塔·巴利翁为翡冷翠守军统领（以后把翡冷翠城向教皇乞降的便是他）。
米开朗琪罗预感到灾祸将临，把他的惶虑告诉了执政官，"而长官卡尔杜奇非但不感谢他，反而辱骂了他一顿；责备他永远猜疑、胆怯"。孔迪维又言："实在，他应该接受这好意的忠告，因为当梅迪契重入翡冷翠时，他被处死了。
"马拉泰斯塔呈请把米开朗琪罗解职：具有这种性格的他，为要摆脱一个危险的敌人起见，是什么都不顾虑的；而且他那时是翡冷翠的大元帅，在当地自是声势赫赫的了。米开朗琪罗以为自己处在危险中了；他写道："可是我早已准备毫不畏惧地等待战争的结局。
但九月二十日星期二清晨，一个人到我炮垒里来附着耳朵告诉我，说我如果要逃生，那么我不能再留在翡冷翠。他和我一同到了我的家里，和我一起用餐，他替我张罗马匹，直到目送我出了翡冷翠城他才离开我。"一五二九年九月二十五日米氏致巴蒂斯塔·德拉·帕拉书。
瓦尔基更补充这一段故事说："米开朗琪罗在三件衬衣中缝了一万二千金币在内，而他逃出翡冷翠时并非没有困难，他和里纳多·科尔西尼和他的学生安东尼奥·米尼从防卫最松的正义门中逃出。"数日后，米开朗琪罗说："究竟是神在指使我抑是魔鬼在作弄我，我不明白。
"他惯有的恐怖毕竟是虚妄的。可是他在路过卡斯泰尔诺沃时，对前长官卡波尼说了一番惊心动魄的话，把他的遭遇和预测叙述得那么骇人，以至这老人竟于数日之后惊悸致死。据塞格尼记载。可见他那时正处在如何可怕的境界。
九月二十三日，米开朗琪罗到费拉雷地方。在狂乱中，他拒绝了当地大公的邀请，不愿住到他的宫堡中去，他继续逃。九月二十五日，他到威尼斯。当地的诸侯得悉之下，立刻派了两个使者去见他，招待他；但又是惭愧又是犷野，他拒绝了，远避在朱得卡。
他还自以为躲避得不够远。他要逃亡到法国去。他到威尼斯的当天，就写了一封急切的信，给为法王弗朗西斯一世在意大利代办艺术品的朋友巴蒂斯塔·德拉·帕拉："巴蒂斯塔，至亲爱的朋友，我离开了翡冷翠要到法国去；到了威尼斯，我询问路径：人家说必得要经过德国的境界，这于我是危险而艰难的路。
你还有意到法国去么？……请你告诉我，请你告诉我你要我在何处等你，我们可以同走……我请求你，收到此信后给我一个答复，愈快愈好，因为我去法之念甚急，万一你已无意去，那么也请告知，以便我以任何代价单独前往…
…"一五二九年九月二十五日致巴蒂斯塔·德拉·帕拉书。驻威尼斯法国大使拉扎雷·特·巴尔夫急急写信给弗朗西斯一世和蒙莫朗西元帅，促他们乘机把米开朗琪罗邀到法国宫廷中去留住他。法王立刻向米开朗琪罗致意，愿致送他一笔年俸一座房屋。
但信札往还自然要费去若干时日，当弗朗西斯一世的复信到时，米开朗琪罗已回到翡冷翠去了。疯狂的热度退尽了，在朱得卡静寂的居留中，他仅有闲暇为他的恐怖暗自惭愧。他的逃亡，在翡冷翠喧传一时，九月三十日，翡冷翠执政官下令一切逃亡的人如于十月七日前不回来，将处以叛逆罪。
在固定的那天，一切逃亡者果被宣布为叛逆，财产亦概行籍没。然而米开朗琪罗的名字还没有列入那张表；执政官给他一个最后的期限，驻费拉雷的翡冷翠大使加莱奥多·朱尼通知翡冷翠共和邦，说米开朗琪罗得悉命令的时候太晚了，如果人家能够宽赦他，他准备回来。
执政官答应原宥米开朗琪罗；他又托斫石匠巴斯蒂阿诺·迪·弗朗切斯科把一张居留许可证带到威尼斯交给米开朗琪罗，同时转交给他十封朋友的信，都是要求他回去的。一五二九年十月二十二日。在这些信中，宽宏的巴蒂斯塔·德拉·帕拉尤其表示出爱国的热忱："你一切的朋友，不分派别地、毫无犹豫地、异口同声地渴望你回来，为保留你的生命、你的母国、你的朋友、你的财产与你的荣誉，为享受这一个你曾热烈地希望的新时代。
"他相信翡冷翠重新临到了黄金时代，他满以为光明前途得胜了。——实际上，这可怜人在梅迪契宗族重新上台之后却是反动势力的第一批牺牲者中的一个。他的一番说话把米开朗琪罗的意念决定了。幸他回来了，——很慢的；因为到卢克奎地方去迎接他的巴蒂斯塔·德拉·帕拉等了他好久，以至开始绝望了。
他又致书米开朗琪罗，敦促他回去。十一月二十日，米开朗琪罗终于回到了翡冷翠。数日前，他的俸给被执政官下令取消了。二十三日，他的判罪状由执政官撤消了，但予以三年不得出席大会议的处分。据米氏致皮翁博书中言，他亦被判处缴纳一千五百金币的罚金充公。
从此，米开朗琪罗勇敢地尽他的职守，直至终局。他重新去就圣米尼亚托的原职，在那里敌人们已轰炸了一个月了；他把山岗重新筑固，发明新的武器，把棉花与被褥覆蔽着钟楼，这样，那著名的建筑物才得免于难。米氏在致弗朗西斯科·特·奥兰达书中述道："当教皇克雷芒
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