陈叔达于殿下唱名示之，且敕曰：“朕叙卿等勋赏或未当，宜各自言。”。不曾想一句戏言，诸臣竟然当真，宗室亲贵之中身份最显赫的淮安王李神通公开呼叫不公，言道：“臣举兵关西，首应义旗，今房玄龄，杜如晦等不过是精于刀笔口舌之事，便功居臣上，臣窃以为不能服。
”。李神通一番话引起了贞观皇帝不满，公开驳斥他说：“义旗初起，叔父虽首唱举兵，实则也不过是事机急迫为保自家性命罢了。武德四年窦建德吞噬山东，叔父全军覆没；刘黑闼再合馀烬，叔父望风奔北。玄龄等运筹帷幄，坐安社稷，论功行赏，固宜居叔父之先。
王叔乃国之至亲，朕诚无所爱，却不能以私恩相酬而罔顾公议寒天下之心！”。诸将纷纷拜谢：“陛下至公，虽淮安王尚无所私，我等安能不安其分？”遂皆悦服。当月。中书令房玄龄秘奏：“陛下登基以来，西府旧人未迁官者颇多，皆多有抱怨道：‘我等追随殿下多少年！
而今官位品轶反居东宫、齐府旧臣之后，是何道理？’”。翌日尚书省颁敕：“王者至公无私，故能服天下之心。朕与卿辈日所衣食，皆取诸民者也。故设官分职，以为民也，当择贤才而用之，岂以新旧为先后哉！必也新而贤，旧而不肖，安可舍新而取旧乎！
今不论其贤不肖而直言嗟怨，岂为政之体乎！”这两件事，外人看来似无破绽，然则在熟知唐室内情之人看来，一向逍遥自在与世无争的淮安郡王李神通此番何以公开站出来自述不公，而一向谨慎小心的房玄龄何以一改常态在皇帝面前为昔日旧伴邀官索爵，却始终不能解。
九月末，贞观皇帝手敕，命于置弘文馆于殿侧，聚经史子集四部书二十馀万卷，精选天下文学之士虞世南、褚亮、姚思廉、欧阳询、蔡允恭、萧德言等，以本官兼学士，更日轮值。每日皇帝显德殿听朝之隙，引诸学士入内殿，讲论前言往行，商榷政事，往往直至深夜。
九月三十日，尚书省再发上敕，取三品已上子孙充弘文馆学生。十月丙辰日，长安现天犬食日，贞观皇帝急召太史令傅奕，再问吉凶。傅奕言道：“建成、元吉虽伏诛，其魂未归，怨气在腹，郁结不散，是以偶以蔽日！”翌日，贞观皇帝命中书省拟敕，追封故太子建成为息王，谥曰隐；齐王元吉为剌王，以礼改葬。
二王入葬之日，皇帝于宜秋门亲送，神态悲戚，大哭不止。侍中王珪、左散骑长侍韦挺、秘书少监魏徵奏请请陪送至墓所，李世民不但当即诏允，且命薛万彻、谢叔方等宫府旧僚一同送葬。十月中旬，户部尚书裴矩奏“百姓遭突厥暴践蹂躏者，请户赐绢一匹。
”贞观皇帝斥责他道：“朕以诚信御下，不欲虚有存恤之名而无其实，户有大小，岂能以户为准笼统补偿之！”，下敕命以每户人口为准给赐……十一月初，尚书省颁布上敕，行文天下，除淮安、江夏、河间三王外，余者宗室郡王皆降爵为郡公十二月，贞观皇帝李世民下敕册封三皇子长沙郡王李恪为汉王，四皇子宜阳郡王李祐为楚王。
次年一月，尚书省颁敕天下，改元贞观，是年为贞观元年。贞观元年一月中旬，皇帝正式下敕：“自今尚书、中书、门下及三品以上入阁议事，皆命谏官随之，名‘参议得失’。”自此“参议得失”作为政事堂宰相代名词便固定下来，第一批以此名目入阁拜相的有兵部尚书李靖、散骑长侍韦挺、大理寺卿戴胄及秘书少监魏徵四人。
一月下旬，贞观皇帝命吏部尚书长孙无忌等与弘文管学士及刑部、大理寺、御史台等官员重新议定律令，改绞刑五十条为断右趾，李世民览奏犹嫌其惨，言道：“肉刑于前汉文景年间悉罢之，我朝立国已久，不宜复设此刑。”蜀王法曹参军裴弘奏请改为加役流，流三千里，居作三年；贞观皇帝诏允。
二月初，秘书少监参议得失魏徵上奏：“隋末丧乱，豪杰并起，拥众据地，自相雄长；唐兴，相帅来归，上皇为之割置州县以宠禄之，由是州县之数，倍于开皇、大业之间。民少吏多，当思革其弊！”二月初八，贞观皇帝召集群臣朝议，为赈灾恢复农时便利百姓，对天下各道行台省进行归并，举国因山川形便设关内、河南、河东、河北、山南、陇右、淮南、江南、剑南、岭南十道。
各道分设行台尚书省，定各道行台尚书令正三品下，行台左右仆射从三品上，行台左右丞从三品下，行台尚书正四品上。自此武德年间各道行台级别不一官吏品轶不定的情形得到了改观，各道行台长官略低于朝廷尚书半级成为定制，如陕东道大行台、东南道大行台等为专人而设几乎与朝廷尚书省并驾齐驱的地方行台自此不再存在。
二月中旬，贞观皇帝下敕复设三师三孤，敕命加封淮安郡王太常寺卿李神通为太子太师、江国公侍中陈叔达为太子太傅、魏国公司空裴寂为太子太保，宋国公尚书左仆射萧瑀为太子少师，赵国公尚书右仆射封德彝为太子少傅，郢国公宇文士及为太子少保。
贞观元年三月，反叛的燕王罗艺携其弟利州都督李寿死于辽北，首级传于长安，贞观皇帝命以郡公礼葬之。贞观元年四月，赵国公太子少傅尚书右仆射封德彝染恙，奏请辞相，贞观皇帝不允，亲往探视，并下敕抚慰令其在省静养。
五月，苑君璋帅众来降。当年苑君璋引突厥功陷马邑，杀高满政，退保恒安，曾令大唐君臣恨得咬牙切齿。然则其人麾下将士却多是中国人，只这一层是其大不同于梁师都之处，是
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